南京殡仪馆提供多种特色服务，具体如下：
传统守灵服务
守灵是一种自古就有的民间习俗，演变至今成为家属等候亲友陆续前来悼念逝者，抒发悼念之情的一种缅怀方式，寄托了家属对逝者的无限追忆哀思之情。在殡仪馆守灵，可通过最后的亲身陪伴，延续与逝者的亲情纽带，得到更专业的殡仪指导，周到妥当准备亲人后事，了却遗憾。目前南京殡仪馆守灵区域，按照守灵需求不同，分为守灵套房、独栋跃层守灵别墅、守灵悼念厅供选择。逝者为南京市户籍人员或驻宁部队现役军人的，还可享受惠民政策，免除守灵套间3天基本服务费用。
环保壁葬服务
南京殡仪馆纪念环三楼、寄思苑区域推出的壁葬区，设计工艺古朴典雅，命名饱含人文气息，其花园式新型葬式，节地环保，绿色生态。
故人沐浴服务
南京殡仪馆推出故人沐浴服务，目前分为祥和级、祥安级、祥泰级三种服务内容供客户选择，涵盖基础清洁、面部清洁、指甲清洁与打磨、四肢和身体清洁、洗发吹发、喷涂保湿液、更衣、化妆等各类特色服务。在生命离开的最后时刻，充分展现轻柔不裸露的尊严呵护，让生者体味到亲视含殓的安心感动。
化妆服务
作为人生的最后陪伴，在告别前一天，逝者在南京馆温馨的化妆间内，接受资深化妆师的专属服务，2名家属可陪伴，还可根据需要预约专门的女性化妆师。
单殓服务
南京馆提供安静、雅致的特色单殓房二十余间供家属选择，并可预约探视。
上门服务
上门是南京殡仪馆推出的重要便民举措之一。
此外，一般殡仪馆常见的服务项目如遗体接运费、尸体保存费、殡葬用品（棺材、寿衣、花圈等）售卖、灵堂布置、火化服务等在南京的殡仪馆也应该会提供。在南京江宁区，殡仪馆主要收费项目包括遗体接运费、尸体保存费、殡葬用品费、灵堂布置费等；在南京秦淮区，殡葬服务通常包括基础殡葬服务、遗体处理、灵车服务、火化费用等，这些侧面反映出南京殡仪馆普遍会涵盖这些服务项目。